diff --git a/include/igl/ambient_occlusion.cpp b/include/igl/ambient_occlusion.cpp
index 343f8ae8a..70538e7f5 100644
--- a/include/igl/ambient_occlusion.cpp
+++ b/include/igl/ambient_occlusion.cpp
@@ -25,8 +25,8 @@ IGL_INLINE void igl::ambient_occlusion(
       const Eigen::Vector3f&,
       const Eigen::Vector3f&)
       > & shoot_ray,
-  const Eigen::PlainObjectBase<DerivedP> & P,
-  const Eigen::PlainObjectBase<DerivedN> & N,
+  const Eigen::MatrixBase<DerivedP> & P,
+  const Eigen::MatrixBase<DerivedN> & N,
   const int num_samples,
   Eigen::PlainObjectBase<DerivedS> & S)
 {
@@ -69,10 +69,10 @@ template <
   typename DerivedS >
 IGL_INLINE void igl::ambient_occlusion(
   const igl::AABB<DerivedV,DIM> & aabb,
-  const Eigen::PlainObjectBase<DerivedV> & V,
-  const Eigen::PlainObjectBase<DerivedF> & F,
-  const Eigen::PlainObjectBase<DerivedP> & P,
-  const Eigen::PlainObjectBase<DerivedN> & N,
+  const Eigen::MatrixBase<DerivedV> & V,
+  const Eigen::MatrixBase<DerivedF> & F,
+  const Eigen::MatrixBase<DerivedP> & P,
+  const Eigen::MatrixBase<DerivedN> & N,
   const int num_samples,
   Eigen::PlainObjectBase<DerivedS> & S)
 {
@@ -100,10 +100,10 @@ template <
   typename DerivedN,
   typename DerivedS >
 IGL_INLINE void igl::ambient_occlusion(
-  const Eigen::PlainObjectBase<DerivedV> & V,
-  const Eigen::PlainObjectBase<DerivedF> & F,
-  const Eigen::PlainObjectBase<DerivedP> & P,
-  const Eigen::PlainObjectBase<DerivedN> & N,
+  const Eigen::MatrixBase<DerivedV> & V,
+  const Eigen::MatrixBase<DerivedF> & F,
+  const Eigen::MatrixBase<DerivedP> & P,
+  const Eigen::MatrixBase<DerivedN> & N,
   const int num_samples,
   Eigen::PlainObjectBase<DerivedS> & S)
 {
@@ -128,10 +128,10 @@ IGL_INLINE void igl::ambient_occlusion(
 #ifdef IGL_STATIC_LIBRARY
 // Explicit template instantiation
 // generated by autoexplicit.sh
-template void igl::ambient_occlusion<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1> >(std::function<bool (Eigen::Matrix<float, 3, 1, 0, 3, 1> const&, Eigen::Matrix<float, 3, 1, 0, 3, 1> const&)> const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, int, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
+template void igl::ambient_occlusion<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1> >(std::function<bool (Eigen::Matrix<float, 3, 1, 0, 3, 1> const&, Eigen::Matrix<float, 3, 1, 0, 3, 1> const&)> const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, int, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
 // generated by autoexplicit.sh
-template void igl::ambient_occlusion<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1> >(std::function<bool (Eigen::Matrix<float, 3, 1, 0, 3, 1> const&, Eigen::Matrix<float, 3, 1, 0, 3, 1> const&)> const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, int, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
+template void igl::ambient_occlusion<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1> >(std::function<bool (Eigen::Matrix<float, 3, 1, 0, 3, 1> const&, Eigen::Matrix<float, 3, 1, 0, 3, 1> const&)> const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, int, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
 // generated by autoexplicit.sh
-template void igl::ambient_occlusion<Eigen::Matrix<double, 1, 3, 1, 1, 3>, Eigen::Matrix<double, 1, 3, 1, 1, 3>, Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1> >(std::function<bool (Eigen::Matrix<float, 3, 1, 0, 3, 1> const&, Eigen::Matrix<float, 3, 1, 0, 3, 1> const&)> const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, 1, 3, 1, 1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, 1, 3, 1, 1, 3> > const&, int, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
-template void igl::ambient_occlusion<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >(std::function<bool (Eigen::Matrix<float, 3, 1, 0, 3, 1> const&, Eigen::Matrix<float, 3, 1, 0, 3, 1> const&)> const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, int, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >&);
+template void igl::ambient_occlusion<Eigen::Matrix<double, 1, 3, 1, 1, 3>, Eigen::Matrix<double, 1, 3, 1, 1, 3>, Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1> >(std::function<bool (Eigen::Matrix<float, 3, 1, 0, 3, 1> const&, Eigen::Matrix<float, 3, 1, 0, 3, 1> const&)> const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, 1, 3, 1, 1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, 1, 3, 1, 1, 3> > const&, int, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
+template void igl::ambient_occlusion<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >(std::function<bool (Eigen::Matrix<float, 3, 1, 0, 3, 1> const&, Eigen::Matrix<float, 3, 1, 0, 3, 1> const&)> const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, int, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >&);
 #endif
diff --git a/include/igl/ambient_occlusion.h b/include/igl/ambient_occlusion.h
index 1c173121e..5e67ff598 100644
--- a/include/igl/ambient_occlusion.h
+++ b/include/igl/ambient_occlusion.h
@@ -34,8 +34,8 @@ namespace igl
         const Eigen::Vector3f&,
         const Eigen::Vector3f&)
         > & shoot_ray,
-    const Eigen::PlainObjectBase<DerivedP> & P,
-    const Eigen::PlainObjectBase<DerivedN> & N,
+    const Eigen::MatrixBase<DerivedP> & P,
+    const Eigen::MatrixBase<DerivedN> & N,
     const int num_samples,
     Eigen::PlainObjectBase<DerivedS> & S);
   // Inputs:
@@ -49,10 +49,10 @@ namespace igl
     typename DerivedS >
   IGL_INLINE void ambient_occlusion(
     const igl::AABB<DerivedV,DIM> & aabb,
-    const Eigen::PlainObjectBase<DerivedV> & V,
-    const Eigen::PlainObjectBase<DerivedF> & F,
-    const Eigen::PlainObjectBase<DerivedP> & P,
-    const Eigen::PlainObjectBase<DerivedN> & N,
+    const Eigen::MatrixBase<DerivedV> & V,
+    const Eigen::MatrixBase<DerivedF> & F,
+    const Eigen::MatrixBase<DerivedP> & P,
+    const Eigen::MatrixBase<DerivedN> & N,
     const int num_samples,
     Eigen::PlainObjectBase<DerivedS> & S);
   // Inputs:
@@ -65,10 +65,10 @@ namespace igl
     typename DerivedN,
     typename DerivedS >
   IGL_INLINE void ambient_occlusion(
-    const Eigen::PlainObjectBase<DerivedV> & V,
-    const Eigen::PlainObjectBase<DerivedF> & F,
-    const Eigen::PlainObjectBase<DerivedP> & P,
-    const Eigen::PlainObjectBase<DerivedN> & N,
+    const Eigen::MatrixBase<DerivedV> & V,
+    const Eigen::MatrixBase<DerivedF> & F,
+    const Eigen::MatrixBase<DerivedP> & P,
+    const Eigen::MatrixBase<DerivedN> & N,
     const int num_samples,
     Eigen::PlainObjectBase<DerivedS> & S);
 
diff --git a/include/igl/biharmonic_coordinates.cpp b/include/igl/biharmonic_coordinates.cpp
index 686ecd5e4..73bff8ed1 100644
--- a/include/igl/biharmonic_coordinates.cpp
+++ b/include/igl/biharmonic_coordinates.cpp
@@ -22,8 +22,8 @@ template <
   typename SType,
   typename DerivedW>
 IGL_INLINE bool igl::biharmonic_coordinates(
-  const Eigen::PlainObjectBase<DerivedV> & V,
-  const Eigen::PlainObjectBase<DerivedT> & T,
+  const Eigen::MatrixBase<DerivedV> & V,
+  const Eigen::MatrixBase<DerivedT> & T,
   const std::vector<std::vector<SType> > & S,
   Eigen::PlainObjectBase<DerivedW> & W)
 {
@@ -36,8 +36,8 @@ template <
   typename SType,
   typename DerivedW>
 IGL_INLINE bool igl::biharmonic_coordinates(
-  const Eigen::PlainObjectBase<DerivedV> & V,
-  const Eigen::PlainObjectBase<DerivedT> & T,
+  const Eigen::MatrixBase<DerivedV> & V,
+  const Eigen::MatrixBase<DerivedT> & T,
   const std::vector<std::vector<SType> > & S,
   const int k,
   Eigen::PlainObjectBase<DerivedW> & W)
@@ -199,5 +199,5 @@ IGL_INLINE bool igl::biharmonic_coordinates(
 
 #ifdef IGL_STATIC_LIBRARY
 // Explicit template instantiation
-template bool igl::biharmonic_coordinates<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, int, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, std::vector<std::vector<int, std::allocator<int> >, std::allocator<std::vector<int, std::allocator<int> > > > const&, int, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >&);
+template bool igl::biharmonic_coordinates<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, int, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, std::vector<std::vector<int, std::allocator<int> >, std::allocator<std::vector<int, std::allocator<int> > > > const&, int, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >&);
 #endif
diff --git a/include/igl/biharmonic_coordinates.h b/include/igl/biharmonic_coordinates.h
index 26f67329a..583eee386 100644
--- a/include/igl/biharmonic_coordinates.h
+++ b/include/igl/biharmonic_coordinates.h
@@ -66,8 +66,8 @@ namespace igl
     typename SType,
     typename DerivedW>
   IGL_INLINE bool biharmonic_coordinates(
-    const Eigen::PlainObjectBase<DerivedV> & V,
-    const Eigen::PlainObjectBase<DerivedT> & T,
+    const Eigen::MatrixBase<DerivedV> & V,
+    const Eigen::MatrixBase<DerivedT> & T,
     const std::vector<std::vector<SType> > & S,
     Eigen::PlainObjectBase<DerivedW> & W);
   // k  2-->biharmonic, 3-->triharmonic
@@ -77,8 +77,8 @@ namespace igl
     typename SType,
     typename DerivedW>
   IGL_INLINE bool biharmonic_coordinates(
-    const Eigen::PlainObjectBase<DerivedV> & V,
-    const Eigen::PlainObjectBase<DerivedT> & T,
+    const Eigen::MatrixBase<DerivedV> & V,
+    const Eigen::MatrixBase<DerivedT> & T,
     const std::vector<std::vector<SType> > & S,
     const int k,
     Eigen::PlainObjectBase<DerivedW> & W);
diff --git a/include/igl/circumradius.cpp b/include/igl/circumradius.cpp
index 34424eae2..88fcbf39a 100644
--- a/include/igl/circumradius.cpp
+++ b/include/igl/circumradius.cpp
@@ -13,8 +13,8 @@ template <
   typename DerivedF,
   typename DerivedR>
 IGL_INLINE void igl::circumradius(
-  const Eigen::PlainObjectBase<DerivedV> & V, 
-  const Eigen::PlainObjectBase<DerivedF> & F,
+  const Eigen::MatrixBase<DerivedV> & V, 
+  const Eigen::MatrixBase<DerivedF> & F,
   Eigen::PlainObjectBase<DerivedR> & R)
 {
   Eigen::Matrix<typename DerivedV::Scalar,Eigen::Dynamic,3> l;
@@ -24,3 +24,7 @@ IGL_INLINE void igl::circumradius(
   // use formula: R=abc/(4*area) to compute the circum radius
   R = l.col(0).array() * l.col(1).array() * l.col(2).array() / (2.0*A.array());
 }
+
+#ifdef IGL_STATIC_LIBRARY
+template void igl::circumradius<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >&);
+#endif
diff --git a/include/igl/circumradius.h b/include/igl/circumradius.h
index 12592ee3f..e8187cb04 100644
--- a/include/igl/circumradius.h
+++ b/include/igl/circumradius.h
@@ -17,15 +17,15 @@ namespace igl
   //   V  #V by dim list of mesh vertex positions
   //   F  #F by 3 list of triangle indices into V
   // Outputs:
-  //   R  #F list of circumradii
+  //   R  #F list of circumradius
   //
   template <
     typename DerivedV, 
     typename DerivedF,
     typename DerivedR>
   IGL_INLINE void circumradius(
-    const Eigen::PlainObjectBase<DerivedV> & V, 
-    const Eigen::PlainObjectBase<DerivedF> & F,
+    const Eigen::MatrixBase<DerivedV> & V, 
+    const Eigen::MatrixBase<DerivedF> & F,
     Eigen::PlainObjectBase<DerivedR> & R);
 }
 #ifndef IGL_STATIC_LIBRARY
diff --git a/include/igl/comb_cross_field.cpp b/include/igl/comb_cross_field.cpp
index 8feb6e0f1..f094ed43c 100644
--- a/include/igl/comb_cross_field.cpp
+++ b/include/igl/comb_cross_field.cpp
@@ -23,10 +23,10 @@ namespace igl {
   {
   public:
 
-    const Eigen::PlainObjectBase<DerivedV> &V;
-    const Eigen::PlainObjectBase<DerivedF> &F;
-    const Eigen::PlainObjectBase<DerivedV> &PD1;
-    const Eigen::PlainObjectBase<DerivedV> &PD2;
+    const Eigen::MatrixBase<DerivedV> &V;
+    const Eigen::MatrixBase<DerivedF> &F;
+    const Eigen::MatrixBase<DerivedV> &PD1;
+    const Eigen::MatrixBase<DerivedV> &PD2;
     DerivedV N;
 
   private:
@@ -61,10 +61,10 @@ namespace igl {
 
 
   public:
-    inline Comb(const Eigen::PlainObjectBase<DerivedV> &_V,
-         const Eigen::PlainObjectBase<DerivedF> &_F,
-         const Eigen::PlainObjectBase<DerivedV> &_PD1,
-         const Eigen::PlainObjectBase<DerivedV> &_PD2
+    inline Comb(const Eigen::MatrixBase<DerivedV> &_V,
+         const Eigen::MatrixBase<DerivedF> &_F,
+         const Eigen::MatrixBase<DerivedV> &_PD1,
+         const Eigen::MatrixBase<DerivedV> &_PD2
          ):
     V(_V),
     F(_F),
@@ -137,10 +137,10 @@ namespace igl {
   };
 }
 template <typename DerivedV, typename DerivedF>
-IGL_INLINE void igl::comb_cross_field(const Eigen::PlainObjectBase<DerivedV> &V,
-                                      const Eigen::PlainObjectBase<DerivedF> &F,
-                                      const Eigen::PlainObjectBase<DerivedV> &PD1,
-                                      const Eigen::PlainObjectBase<DerivedV> &PD2,
+IGL_INLINE void igl::comb_cross_field(const Eigen::MatrixBase<DerivedV> &V,
+                                      const Eigen::MatrixBase<DerivedF> &F,
+                                      const Eigen::MatrixBase<DerivedV> &PD1,
+                                      const Eigen::MatrixBase<DerivedV> &PD2,
                                       Eigen::PlainObjectBase<DerivedV> &PD1out,
                                       Eigen::PlainObjectBase<DerivedV> &PD2out)
 {
@@ -150,6 +150,6 @@ IGL_INLINE void igl::comb_cross_field(const Eigen::PlainObjectBase<DerivedV> &V,
 
 #ifdef IGL_STATIC_LIBRARY
 // Explicit template instantiation
-template void igl::comb_cross_field<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3> >&);
-template void igl::comb_cross_field<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >&);
+template void igl::comb_cross_field<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3> >&);
+template void igl::comb_cross_field<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >&);
 #endif
diff --git a/include/igl/comb_cross_field.h b/include/igl/comb_cross_field.h
index fa3b57648..0cbacb7ab 100644
--- a/include/igl/comb_cross_field.h
+++ b/include/igl/comb_cross_field.h
@@ -27,10 +27,10 @@ namespace igl
   
   
   template <typename DerivedV, typename DerivedF>
-  IGL_INLINE void comb_cross_field(const Eigen::PlainObjectBase<DerivedV> &V,
-                                   const Eigen::PlainObjectBase<DerivedF> &F,
-                                   const Eigen::PlainObjectBase<DerivedV> &PD1in,
-                                   const Eigen::PlainObjectBase<DerivedV> &PD2in,
+  IGL_INLINE void comb_cross_field(const Eigen::MatrixBase<DerivedV> &V,
+                                   const Eigen::MatrixBase<DerivedF> &F,
+                                   const Eigen::MatrixBase<DerivedV> &PD1in,
+                                   const Eigen::MatrixBase<DerivedV> &PD2in,
                                    Eigen::PlainObjectBase<DerivedV> &PD1out,
                                    Eigen::PlainObjectBase<DerivedV> &PD2out);
 }
diff --git a/include/igl/comb_frame_field.cpp b/include/igl/comb_frame_field.cpp
index d1fdb6bd7..85672c303 100644
--- a/include/igl/comb_frame_field.cpp
+++ b/include/igl/comb_frame_field.cpp
@@ -16,12 +16,12 @@
 #include "PI.h"
 
 template <typename DerivedV, typename DerivedF, typename DerivedP>
-IGL_INLINE void igl::comb_frame_field(const Eigen::PlainObjectBase<DerivedV> &V,
-                                      const Eigen::PlainObjectBase<DerivedF> &F,
-                                      const Eigen::PlainObjectBase<DerivedP> &PD1,
-                                      const Eigen::PlainObjectBase<DerivedP> &PD2,
-                                      const Eigen::PlainObjectBase<DerivedP> &BIS1_combed,
-                                      const Eigen::PlainObjectBase<DerivedP> &BIS2_combed,
+IGL_INLINE void igl::comb_frame_field(const Eigen::MatrixBase<DerivedV> &V,
+                                      const Eigen::MatrixBase<DerivedF> &F,
+                                      const Eigen::MatrixBase<DerivedP> &PD1,
+                                      const Eigen::MatrixBase<DerivedP> &PD2,
+                                      const Eigen::MatrixBase<DerivedP> &BIS1_combed,
+                                      const Eigen::MatrixBase<DerivedP> &BIS2_combed,
                                       Eigen::PlainObjectBase<DerivedP> &PD1_combed,
                                       Eigen::PlainObjectBase<DerivedP> &PD2_combed)
 {
@@ -73,6 +73,6 @@ IGL_INLINE void igl::comb_frame_field(const Eigen::PlainObjectBase<DerivedV> &V,
 
 #ifdef IGL_STATIC_LIBRARY
 // Explicit template instantiation
-template void igl::comb_frame_field<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3> >&);
-template void igl::comb_frame_field<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >&);
+template void igl::comb_frame_field<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3> >&);
+template void igl::comb_frame_field<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >&);
 #endif
diff --git a/include/igl/comb_frame_field.h b/include/igl/comb_frame_field.h
index 4691dc19d..ab5a9e7e9 100644
--- a/include/igl/comb_frame_field.h
+++ b/include/igl/comb_frame_field.h
@@ -31,12 +31,12 @@ namespace igl
 
 
   template <typename DerivedV, typename DerivedF, typename DerivedP>
-  IGL_INLINE void comb_frame_field(const Eigen::PlainObjectBase<DerivedV> &V,
-                                        const Eigen::PlainObjectBase<DerivedF> &F,
-                                        const Eigen::PlainObjectBase<DerivedP> &PD1,
-                                        const Eigen::PlainObjectBase<DerivedP> &PD2,
-                                        const Eigen::PlainObjectBase<DerivedP> &BIS1_combed,
-                                        const Eigen::PlainObjectBase<DerivedP> &BIS2_combed,
+  IGL_INLINE void comb_frame_field(const Eigen::MatrixBase<DerivedV> &V,
+                                        const Eigen::MatrixBase<DerivedF> &F,
+                                        const Eigen::MatrixBase<DerivedP> &PD1,
+                                        const Eigen::MatrixBase<DerivedP> &PD2,
+                                        const Eigen::MatrixBase<DerivedP> &BIS1_combed,
+                                        const Eigen::MatrixBase<DerivedP> &BIS2_combed,
                                         Eigen::PlainObjectBase<DerivedP> &PD1_combed,
                                         Eigen::PlainObjectBase<DerivedP> &PD2_combed);
 }
diff --git a/include/igl/comb_line_field.cpp b/include/igl/comb_line_field.cpp
index 66899319a..06a2a6406 100644
--- a/include/igl/comb_line_field.cpp
+++ b/include/igl/comb_line_field.cpp
@@ -22,9 +22,9 @@ class CombLine
 {
 public:
 
-    const Eigen::PlainObjectBase<DerivedV> &V;
-    const Eigen::PlainObjectBase<DerivedF> &F;
-    const Eigen::PlainObjectBase<DerivedV> &PD1;
+    const Eigen::MatrixBase<DerivedV> &V;
+    const Eigen::MatrixBase<DerivedF> &F;
+    const Eigen::MatrixBase<DerivedV> &PD1;
     DerivedV N;
 
 private:
@@ -57,9 +57,9 @@ private:
 
 public:
 
-    inline CombLine(const Eigen::PlainObjectBase<DerivedV> &_V,
-                    const Eigen::PlainObjectBase<DerivedF> &_F,
-                    const Eigen::PlainObjectBase<DerivedV> &_PD1):
+    inline CombLine(const Eigen::MatrixBase<DerivedV> &_V,
+                    const Eigen::MatrixBase<DerivedF> &_F,
+                    const Eigen::MatrixBase<DerivedV> &_PD1):
         V(_V),
         F(_F),
         PD1(_PD1)
@@ -118,9 +118,9 @@ public:
 }
 
 template <typename DerivedV, typename DerivedF>
-IGL_INLINE void igl::comb_line_field(const Eigen::PlainObjectBase<DerivedV> &V,
-                                     const Eigen::PlainObjectBase<DerivedF> &F,
-                                     const Eigen::PlainObjectBase<DerivedV> &PD1,
+IGL_INLINE void igl::comb_line_field(const Eigen::MatrixBase<DerivedV> &V,
+                                     const Eigen::MatrixBase<DerivedF> &F,
+                                     const Eigen::MatrixBase<DerivedV> &PD1,
                                      Eigen::PlainObjectBase<DerivedV> &PD1out)
 {
     igl::CombLine<DerivedV, DerivedF> cmb(V, F, PD1);
diff --git a/include/igl/comb_line_field.h b/include/igl/comb_line_field.h
index e2f22b37f..6ec892016 100644
--- a/include/igl/comb_line_field.h
+++ b/include/igl/comb_line_field.h
@@ -19,17 +19,14 @@ namespace igl
   //   V          #V by 3 eigen Matrix of mesh vertex 3D positions
   //   F          #F by 4 eigen Matrix of face (quad) indices
   //   PD1in      #F by 3 eigen Matrix of the first per face cross field vector
-  //   PD2in      #F by 3 eigen Matrix of the second per face cross field vector
   // Output:
   //   PD1out      #F by 3 eigen Matrix of the first combed cross field vector
-  //   PD2out      #F by 3 eigen Matrix of the second combed cross field vector
-  //
 
 
   template <typename DerivedV, typename DerivedF>
-  IGL_INLINE void comb_line_field(const Eigen::PlainObjectBase<DerivedV> &V,
-                                  const Eigen::PlainObjectBase<DerivedF> &F,
-                                  const Eigen::PlainObjectBase<DerivedV> &PD1in,
+  IGL_INLINE void comb_line_field(const Eigen::MatrixBase<DerivedV> &V,
+                                  const Eigen::MatrixBase<DerivedF> &F,
+                                  const Eigen::MatrixBase<DerivedV> &PD1in,
                                   Eigen::PlainObjectBase<DerivedV> &PD1out);
 }
 #ifndef IGL_STATIC_LIBRARY
diff --git a/include/igl/compute_frame_field_bisectors.cpp b/include/igl/compute_frame_field_bisectors.cpp
index 74b284d48..ceca66e5d 100644
--- a/include/igl/compute_frame_field_bisectors.cpp
+++ b/include/igl/compute_frame_field_bisectors.cpp
@@ -17,12 +17,12 @@
 
 template <typename DerivedV, typename DerivedF>
 IGL_INLINE void igl::compute_frame_field_bisectors(
-  const Eigen::PlainObjectBase<DerivedV>& V,
-  const Eigen::PlainObjectBase<DerivedF>& F,
-  const Eigen::PlainObjectBase<DerivedV>& B1,
-  const Eigen::PlainObjectBase<DerivedV>& B2,
-  const Eigen::PlainObjectBase<DerivedV>& PD1,
-  const Eigen::PlainObjectBase<DerivedV>& PD2,
+  const Eigen::MatrixBase<DerivedV>& V,
+  const Eigen::MatrixBase<DerivedF>& F,
+  const Eigen::MatrixBase<DerivedV>& B1,
+  const Eigen::MatrixBase<DerivedV>& B2,
+  const Eigen::MatrixBase<DerivedV>& PD1,
+  const Eigen::MatrixBase<DerivedV>& PD2,
   Eigen::PlainObjectBase<DerivedV>& BIS1,
   Eigen::PlainObjectBase<DerivedV>& BIS2)
 {
@@ -64,10 +64,10 @@ IGL_INLINE void igl::compute_frame_field_bisectors(
 
 template <typename DerivedV, typename DerivedF>
 IGL_INLINE void igl::compute_frame_field_bisectors(
-                                                   const Eigen::PlainObjectBase<DerivedV>& V,
-                                                   const Eigen::PlainObjectBase<DerivedF>& F,
-                                                   const Eigen::PlainObjectBase<DerivedV>& PD1,
-                                                   const Eigen::PlainObjectBase<DerivedV>& PD2,
+                                                   const Eigen::MatrixBase<DerivedV>& V,
+                                                   const Eigen::MatrixBase<DerivedF>& F,
+                                                   const Eigen::MatrixBase<DerivedV>& PD1,
+                                                   const Eigen::MatrixBase<DerivedV>& PD2,
                                                    Eigen::PlainObjectBase<DerivedV>& BIS1,
                                                    Eigen::PlainObjectBase<DerivedV>& BIS2)
 {
@@ -80,7 +80,7 @@ IGL_INLINE void igl::compute_frame_field_bisectors(
 
 #ifdef IGL_STATIC_LIBRARY
 // Explicit template instantiation
-template void igl::compute_frame_field_bisectors<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3> >&);
-template void igl::compute_frame_field_bisectors<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >&);
-template void igl::compute_frame_field_bisectors<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >&);
+template void igl::compute_frame_field_bisectors<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3> >&);
+template void igl::compute_frame_field_bisectors<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >&);
+template void igl::compute_frame_field_bisectors<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >&);
 #endif
diff --git a/include/igl/compute_frame_field_bisectors.h b/include/igl/compute_frame_field_bisectors.h
index 4c853febf..f5cef3a11 100644
--- a/include/igl/compute_frame_field_bisectors.h
+++ b/include/igl/compute_frame_field_bisectors.h
@@ -26,22 +26,22 @@ namespace igl
   //
   template <typename DerivedV, typename DerivedF>
   IGL_INLINE void compute_frame_field_bisectors(
-                                                const Eigen::PlainObjectBase<DerivedV>& V,
-                                                const Eigen::PlainObjectBase<DerivedF>& F,
-                                                const Eigen::PlainObjectBase<DerivedV>& B1,
-                                                const Eigen::PlainObjectBase<DerivedV>& B2,
-                                                const Eigen::PlainObjectBase<DerivedV>& PD1,
-                                                const Eigen::PlainObjectBase<DerivedV>& PD2,
+                                                const Eigen::MatrixBase<DerivedV>& V,
+                                                const Eigen::MatrixBase<DerivedF>& F,
+                                                const Eigen::MatrixBase<DerivedV>& B1,
+                                                const Eigen::MatrixBase<DerivedV>& B2,
+                                                const Eigen::MatrixBase<DerivedV>& PD1,
+                                                const Eigen::MatrixBase<DerivedV>& PD2,
                                                 Eigen::PlainObjectBase<DerivedV>& BIS1,
                                                 Eigen::PlainObjectBase<DerivedV>& BIS2);
 
   // Wrapper without given basis vectors.
   template <typename DerivedV, typename DerivedF>
   IGL_INLINE void compute_frame_field_bisectors(
-                                                const Eigen::PlainObjectBase<DerivedV>& V,
-                                                const Eigen::PlainObjectBase<DerivedF>& F,
-                                                const Eigen::PlainObjectBase<DerivedV>& PD1,
-                                                const Eigen::PlainObjectBase<DerivedV>& PD2,
+                                                const Eigen::MatrixBase<DerivedV>& V,
+                                                const Eigen::MatrixBase<DerivedF>& F,
+                                                const Eigen::MatrixBase<DerivedV>& PD1,
+                                                const Eigen::MatrixBase<DerivedV>& PD2,
                                                 Eigen::PlainObjectBase<DerivedV>& BIS1,
                                                 Eigen::PlainObjectBase<DerivedV>& BIS2);
 }
diff --git a/include/igl/connect_boundary_to_infinity.cpp b/include/igl/connect_boundary_to_infinity.cpp
index 627b0b9b6..e0b7aec37 100644
--- a/include/igl/connect_boundary_to_infinity.cpp
+++ b/include/igl/connect_boundary_to_infinity.cpp
@@ -10,14 +10,14 @@
 
 template <typename DerivedF, typename DerivedFO>
 IGL_INLINE void igl::connect_boundary_to_infinity(
-  const Eigen::PlainObjectBase<DerivedF> & F,
+  const Eigen::MatrixBase<DerivedF> & F,
   Eigen::PlainObjectBase<DerivedFO> & FO)
 {
   return connect_boundary_to_infinity(F,F.maxCoeff(),FO);
 }
 template <typename DerivedF, typename DerivedFO>
 IGL_INLINE void igl::connect_boundary_to_infinity(
-  const Eigen::PlainObjectBase<DerivedF> & F,
+  const Eigen::MatrixBase<DerivedF> & F,
   const typename DerivedF::Scalar inf_index,
   Eigen::PlainObjectBase<DerivedFO> & FO)
 {
@@ -37,8 +37,8 @@ template <
   typename DerivedVO, 
   typename DerivedFO>
 IGL_INLINE void igl::connect_boundary_to_infinity(
-  const Eigen::PlainObjectBase<DerivedV> & V,
-  const Eigen::PlainObjectBase<DerivedF> & F,
+  const Eigen::MatrixBase<DerivedV> & V,
+  const Eigen::MatrixBase<DerivedF> & F,
   Eigen::PlainObjectBase<DerivedVO> & VO,
   Eigen::PlainObjectBase<DerivedFO> & FO)
 {
@@ -51,5 +51,5 @@ IGL_INLINE void igl::connect_boundary_to_infinity(
 }
 
 #ifdef IGL_STATIC_LIBRARY
-template void igl::connect_boundary_to_infinity<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&);
+template void igl::connect_boundary_to_infinity<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&);
 #endif
diff --git a/include/igl/connect_boundary_to_infinity.h b/include/igl/connect_boundary_to_infinity.h
index 2fa2783d6..3109fc952 100644
--- a/include/igl/connect_boundary_to_infinity.h
+++ b/include/igl/connect_boundary_to_infinity.h
@@ -22,13 +22,13 @@ namespace igl
   //     edge-manifold).
   template <typename DerivedF, typename DerivedFO>
   IGL_INLINE void connect_boundary_to_infinity(
-    const Eigen::PlainObjectBase<DerivedF> & F,
+    const Eigen::MatrixBase<DerivedF> & F,
     Eigen::PlainObjectBase<DerivedFO> & FO);
   // Inputs:
   //   inf_index  index of point at infinity (usually V.rows() or F.maxCoeff())
   template <typename DerivedF, typename DerivedFO>
   IGL_INLINE void connect_boundary_to_infinity(
-    const Eigen::PlainObjectBase<DerivedF> & F,
+    const Eigen::MatrixBase<DerivedF> & F,
     const typename DerivedF::Scalar inf_index,
     Eigen::PlainObjectBase<DerivedFO> & FO);
   // Inputs:
@@ -45,8 +45,8 @@ namespace igl
     typename DerivedVO, 
     typename DerivedFO>
   IGL_INLINE void connect_boundary_to_infinity(
-    const Eigen::PlainObjectBase<DerivedV> & V,
-    const Eigen::PlainObjectBase<DerivedF> & F,
+    const Eigen::MatrixBase<DerivedV> & V,
+    const Eigen::MatrixBase<DerivedF> & F,
     Eigen::PlainObjectBase<DerivedVO> & VO,
     Eigen::PlainObjectBase<DerivedFO> & FO);
 }
diff --git a/include/igl/cross_field_mismatch.cpp b/include/igl/cross_field_mismatch.cpp
index 3c3265535..d25e6517e 100644
--- a/include/igl/cross_field_mismatch.cpp
+++ b/include/igl/cross_field_mismatch.cpp
@@ -25,10 +25,10 @@ namespace igl {
   {
   public:
 
-    const Eigen::PlainObjectBase<DerivedV> &V;
-    const Eigen::PlainObjectBase<DerivedF> &F;
-    const Eigen::PlainObjectBase<DerivedV> &PD1;
-    const Eigen::PlainObjectBase<DerivedV> &PD2;
+    const Eigen::MatrixBase<DerivedV> &V;
+    const Eigen::MatrixBase<DerivedF> &F;
+    const Eigen::MatrixBase<DerivedV> &PD1;
+    const Eigen::MatrixBase<DerivedV> &PD2;
     
     DerivedV N;
 
@@ -69,10 +69,10 @@ namespace igl {
 
 
 public:
-  inline MismatchCalculator(const Eigen::PlainObjectBase<DerivedV> &_V,
-                            const Eigen::PlainObjectBase<DerivedF> &_F,
-                            const Eigen::PlainObjectBase<DerivedV> &_PD1,
-                            const Eigen::PlainObjectBase<DerivedV> &_PD2):
+  inline MismatchCalculator(const Eigen::MatrixBase<DerivedV> &_V,
+                            const Eigen::MatrixBase<DerivedF> &_F,
+                            const Eigen::MatrixBase<DerivedV> &_PD1,
+                            const Eigen::MatrixBase<DerivedV> &_PD2):
   V(_V),
   F(_F),
   PD1(_PD1),
@@ -102,10 +102,10 @@ public:
 };
 }
 template <typename DerivedV, typename DerivedF, typename DerivedM>
-IGL_INLINE void igl::cross_field_mismatch(const Eigen::PlainObjectBase<DerivedV> &V,
-                                          const Eigen::PlainObjectBase<DerivedF> &F,
-                                          const Eigen::PlainObjectBase<DerivedV> &PD1,
-                                          const Eigen::PlainObjectBase<DerivedV> &PD2,
+IGL_INLINE void igl::cross_field_mismatch(const Eigen::MatrixBase<DerivedV> &V,
+                                          const Eigen::MatrixBase<DerivedF> &F,
+                                          const Eigen::MatrixBase<DerivedV> &PD1,
+                                          const Eigen::MatrixBase<DerivedV> &PD2,
                                           const bool isCombed,
                                           Eigen::PlainObjectBase<DerivedM> &mismatch)
 {
@@ -125,8 +125,8 @@ IGL_INLINE void igl::cross_field_mismatch(const Eigen::PlainObjectBase<DerivedV>
 
 #ifdef IGL_STATIC_LIBRARY
 // Explicit template instantiation
-template void igl::cross_field_mismatch<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3> > const &, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3> > const &,  Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3> > const &,  Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3> > const &, const bool,  Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3> > &);
-template void igl::cross_field_mismatch<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >( Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const &, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const &, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const &, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const &, const bool, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > &);
-template void igl::cross_field_mismatch<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const &, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const &, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const &, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const &, const bool, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3> > &);
+template void igl::cross_field_mismatch<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3> > const &, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3> > const &,  Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3> > const &,  Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3> > const &, const bool,  Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3> > &);
+template void igl::cross_field_mismatch<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >( Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const &, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const &, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const &, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const &, const bool, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > &);
+template void igl::cross_field_mismatch<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const &, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const &, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const &, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const &, const bool, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3> > &);
 
 #endif
diff --git a/include/igl/cross_field_mismatch.h b/include/igl/cross_field_mismatch.h
index daf000e2d..5f15e9641 100644
--- a/include/igl/cross_field_mismatch.h
+++ b/include/igl/cross_field_mismatch.h
@@ -29,10 +29,10 @@ namespace igl
   //
 
   template <typename DerivedV, typename DerivedF, typename DerivedM>
-  IGL_INLINE void cross_field_mismatch(const Eigen::PlainObjectBase<DerivedV> &V,
-                                       const Eigen::PlainObjectBase<DerivedF> &F,
-                                       const Eigen::PlainObjectBase<DerivedV> &PD1,
-                                       const Eigen::PlainObjectBase<DerivedV> &PD2,
+  IGL_INLINE void cross_field_mismatch(const Eigen::MatrixBase<DerivedV> &V,
+                                       const Eigen::MatrixBase<DerivedF> &F,
+                                       const Eigen::MatrixBase<DerivedV> &PD1,
+                                       const Eigen::MatrixBase<DerivedV> &PD2,
                                        const bool isCombed,
                                        Eigen::PlainObjectBase<DerivedM> &mismatch);
 }
diff --git a/include/igl/sort_angles.cpp b/include/igl/sort_angles.cpp
index 486f621ea..a030eb006 100644
--- a/include/igl/sort_angles.cpp
+++ b/include/igl/sort_angles.cpp
@@ -11,7 +11,7 @@
 
 template <typename DerivedM, typename DerivedR>
 IGL_INLINE void igl::sort_angles(
-        const Eigen::PlainObjectBase<DerivedM>& M,
+        const Eigen::MatrixBase<DerivedM>& M,
         Eigen::PlainObjectBase<DerivedR>& R) {
     const size_t num_rows = M.rows();
     const size_t num_cols = M.cols();
@@ -110,5 +110,5 @@ IGL_INLINE void igl::sort_angles(
 }
 
 #ifdef IGL_STATIC_LIBRARY
-template void igl::sort_angles<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
+template void igl::sort_angles<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
 #endif
diff --git a/include/igl/sort_angles.h b/include/igl/sort_angles.h
index 4763c981e..d7e6e3c4d 100644
--- a/include/igl/sort_angles.h
+++ b/include/igl/sort_angles.h
@@ -24,7 +24,7 @@ namespace igl {
     //      angle.
     template<typename DerivedM, typename DerivedR>
     IGL_INLINE void sort_angles(
-            const Eigen::PlainObjectBase<DerivedM>& M,
+            const Eigen::MatrixBase<DerivedM>& M,
             Eigen::PlainObjectBase<DerivedR>& R);
 }
 
diff --git a/include/igl/triangle_triangle_adjacency.cpp b/include/igl/triangle_triangle_adjacency.cpp
index eecaec479..901d2e12f 100644
--- a/include/igl/triangle_triangle_adjacency.cpp
+++ b/include/igl/triangle_triangle_adjacency.cpp
@@ -262,6 +262,7 @@ template void igl::triangle_triangle_adjacency<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1,
 // generated by autoexplicit.sh
 template void igl::triangle_triangle_adjacency<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3> >&);
 template void igl::triangle_triangle_adjacency<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&);
+template void igl::triangle_triangle_adjacency<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&);
 template void igl::triangle_triangle_adjacency<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3> >&);
 template void igl::triangle_triangle_adjacency<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, long, long>(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, std::vector<std::vector<std::vector<long, std::allocator<long> >, std::allocator<std::vector<long, std::allocator<long> > > >, std::allocator<std::vector<std::vector<long, std::allocator<long> >, std::allocator<std::vector<long, std::allocator<long> > > > > >&, std::vector<std::vector<std::vector<long, std::allocator<long> >, std::allocator<std::vector<long, std::allocator<long> > > >, std::allocator<std::vector<std::vector<long, std::allocator<long> >, std::allocator<std::vector<long, std::allocator<long> > > > > >&);
 template void igl::triangle_triangle_adjacency<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, int>(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, std::vector<std::vector<std::vector<int, std::allocator<int> >, std::allocator<std::vector<int, std::allocator<int> > > >, std::allocator<std::vector<std::vector<int, std::allocator<int> >, std::allocator<std::vector<int, std::allocator<int> > > > > >&);
@@ -271,5 +272,4 @@ template void igl::triangle_triangle_adjacency<class Eigen::Matrix<int, -1, -1,
 #endif
 template void igl::triangle_triangle_adjacency<Eigen::Matrix<int, -1, 2, 0, -1, 2>, Eigen::Matrix<long, -1, 1, 0, -1, 1>, long, long, long>(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, 2, 0, -1, 2> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<long, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, std::vector<std::vector<long, std::allocator<long> >, std::allocator<std::vector<long, std::allocator<long> > > > const&, bool, std::vector<std::vector<std::vector<long, std::allocator<long> >, std::allocator<std::vector<long, std::allocator<long> > > >, std::allocator<std::vector<std::vector<long, std::allocator<long> >, std::allocator<std::vector<long, std::allocator<long> > > > > >&, std::vector<std::vector<std::vector<long, std::allocator<long> >, std::allocator<std::vector<long, std::allocator<long> > > >, std::allocator<std::vector<std::vector<long, std::allocator<long> >, std::allocator<std::vector<long, std::allocator<long> > > > > >&);
 template void igl::triangle_triangle_adjacency<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, unsigned long, int, int>(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, std::vector<std::vector<unsigned long, std::allocator<unsigned long> >, std::allocator<std::vector<unsigned long, std::allocator<unsigned long> > > > const&, bool, std::vector<std::vector<std::vector<int, std::allocator<int> >, std::allocator<std::vector<int, std::allocator<int> > > >, std::allocator<std::vector<std::vector<int, std::allocator<int> >, std::allocator<std::vector<int, std::allocator<int> > > > > >&, std::vector<std::vector<std::vector<int, std::allocator<int> >, std::allocator<std::vector<int, std::allocator<int> > > >, std::allocator<std::vector<std::vector<int, std::allocator<int> >, std::allocator<std::vector<int, std::allocator<int> > > > > >&);
-template void igl::triangle_triangle_adjacency<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>>(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3>> const &, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>> &);
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